Ich habe soweit alles zum laufen bekommen in dem ich das Backup per FTP-geuppt habe, danach mittels
PHP-Code:
chown -R wwwrun:run 
den Besitzer aller Verzeichnisse und Dateien der Joomla installation geändert habe. Die PonyGallery habe ich lokal unter Xampp zur JoomGallery migriert(vor dem Upload auf dem Server).

Vielen Dank allen für die hilfreichen Tipps!