Ok, das sind jetzt jedoch ganz andere Probleme, welche mit dem Update direkt erst einmal nicht zu Tun haben.

Deine Problematik besteht momentan im Zusammenspiel zwischen deiner .htaccess und der Aktivierung von SEO. Es gibt hier in der Forensuche reichlich Themen dazu.

Dazu ist jetzt wichtig, welche Version genau vor 3.9.5 installiert war, mit welcher alles funktionierte. Noch wichtiger dazu ist, welcher Hoster und welche spezielle Servereinstellung gewählt ist. Demzufolge ist in der .htaccess einiges zu beachten.

Gruß Faro