Thema: Alle PHP-Dateien sind schreibgeschützt.

Das bedeutet, wenn du beim nächsten Mal was hochlädst ist es wieder schreibgeschützt (das was hochgeladen wurde), da es immer dem FTP-User gehören wird.

Mittels zb suPHP kann man dieses Verhalten dauerhaft abstellen und die Dateien gehören dann dem Apache-User (wwwrun oder unter Debian www-data)

die einstellungen werden gespeichert für genau die verzeichnisse / dateien, für die du sie gemacht hast. für alle zukünftigen uploads dürftest du das problem erneut haben. aber das schrieb auch ty2d schon.
seinen empfehlungen kann ich mich im übrigen nur anschließen.
edit: sorry, vor dem antworten nicht umgeblättert, daher nicht gesehen, dass die frage schon beantwortet wurde.