Jo, das war die Lösung. Nach der Löschung und Neuschaffung der ID's (einmal Xenu drüber), war allerdings ein neu geschaffener Blogmenüpunkt erstmal völlig zerschossen. Zum Glück hatte ich den alten Menüeintrag nicht gelöscht, da er dann wieder korrekt funktioniert hat.
Mein anderes Problem ließ sich auch lösen: die falsch angezeigten Categories aus dem Hauptmenü waren Teil einer Section, die ebenfalls als Menüpunkt irgendwo auftauchte. Dort war alles auf "show" gesetzt und überschrieb scheinbar die Einstellungen der Kategorien selber - was es vorher nicht getan hat.
Jetzt darf ich all diesen Kram noch mal bei über einem Dutzend Joomla-Installation checken und eventuell neumachen. Also, dieses 1.0.12er Update macht mich noch wahnsinnig...
P.S.: Ach ja, auch der Pathway-Eintrag "Home" wird seit dem Update nicht mehr korrekt umgeschrieben, da hängt jetzt plötzlich ein index.php hinter dem Domainnamen. Und bei
OpenSEF herrscht Schweigen...
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