Thema: Alle Index Dateien wieder herstellen?

was du meinst, sind die index.html, die in allen ordnern liegen und dazu dienen, den direkten zugriff auf die verzeichnisinhalte zu unterbinden.
wichtig sind jedoch nur die index.php. allerdings ist es damit nicht getan. folge den hinweisen in der joomal-faq zu gehackten seiten, um wieder einen sicheren webspace zu bekommen. link in meiner signatur

Du meinst die index.html? Diese Dateien sind vorhanden damit es nicht möglich ist über einen Aufruf von Beispielsweise www.test.de/components/ den Inhalt des verzeichnisses zu sehen und damit zu erkennen welche Komponenten installiert sind. Bei den meisten Webhostern ist dies deaktiviert aber gibt noch etliche die dies eingeschaltet haben, ist also ein weiterer Sicherheitsmechanismus wenn man so will.

Wenn du kein backup hast wird es schwer, mal deinen Webhoster angeschrieben ob er ein sauberes Backup hat? Weil es ist ja nicht ausgeschlossen ist das er noch irgendwelche backdoors hinterlassen hat oder irgendwelche Spamscripte.

also auch für mich klingt Analyse und Rückschlüsse von @RatRex nicht überzeugend (sry), es ist unbedingt zu empfehlen, systematisch gemäß den genannten links vorzugehen

Es reicht definitiv nicht, einfach die veränderten Seiten auszutauschen und zur Tagesordnung überzugehen. Du oder der WEbseitenbetreiber können rechtlich belangt werden, wenn Ihr nicht die dementsprechenden Massnahmen ergriffen habt. Ohne sauberes Backup geht schon mal nichts, entweder Du oder Dein Provider solltet soetwas haben.

Und dann bitte diese Liste Punkt für Punkt abarbeiten. Alles andere ist Murks und ein Bumerang.